Молекули Протипена мають високу спорідненість до поверхні розділу фаз повітря–рідина, де вони дестабілізують ламелли* піни. Це призводить до розриву повітряних бульбашок і руйнування поверхні піни. Захоплені бульбашки повітря агломеруються (обєднуються), і більші бульбашки швидко піднімаються на поверхню рідини де лопаються.
Протипен забезпечує контроль піноутворення чи знищення піни без втручання в структуру робочого розчину завдяки своєму складу. Хімічні сполуки пестицидів залишаються незмінними, а робочий розчин стабільним.
* Ламелли піни — структура з подвійного шару поверхнево-активної речовини (стінка бульбашки).